Q1:微生物多样性中OTU是指什么?
OTU(Operational Taxonomic Unit )即分类操作单元,是在系统发生学研究或群体遗传学研究中,为了便于进行分析,人为给某一个分类单元(品系,种,属,分组等)设置的同一标志。在微生物多样性分析中,根据不 同的相似度水平,对所有序列进行OTU划分,一般情况下,如果序列之间的相似性高于97% (种水平)就可以把它定义为一个OTU,每个OTU代表一个物种。
Q2:PCA与PCoA的区别?
主成分分析(Principal Component Analysis,PCA)是一种分析和简化数据集的技术,通过将方差进行分解,将多组数据的差异反映在二维坐标图上;主坐标分析法(Principal coordinates analysis,PCoA)是一种与 PCA 类似的降维排序方法。PCoA与PCA的区别在于PCA是基于原始的物种组成矩阵所做的分析,使用的是欧式距离,仅仅比较的是物种丰度的不同,而PCoA首先根据不同的距离算法计算样品之间的距离,然后对距离矩阵进行处理,使图中点间的距离正好等于原来的差异数据,实现定性数据的定量转换。