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经典案例

PacBio测序与宏基因组测序相结合提供了对鲊广椒微生物多样性的见解

期刊名：Food Bioscience

时间：2021年

样本：从恩施土家族苗族自治州当地农产品市场购买了28份国产鲊广椒样品。

测序：Illumina HiSeq2000宏基因组测序；PacBio 全长16s测序。

研究结果：

1、基于SMRT测序的鲊广椒样品中核心细菌的检测

从28个鲊广椒样品中总共产生了112,609个高质量的SMRT测序读数，每个样本的平均reads数为4021个。在这些reads中，在98.65%的高序列相似性水平下鉴定出了19795个代表性OTU，平均为706个OTU/样本(表S1)。SMRT 16S rRNA基因测序技术产生的序列被鉴定到门、属和种水平。共鉴定出11个门、220个属、425个种。其中优势菌属(相对丰度>1%)主要为乳杆菌属(72.66%)、芽孢杆菌(9.28%)、类芽孢杆菌(4.11%)。

在属(A)和种(B)水平上，鲊广椒样品中细菌组成的相对丰度

2、鲊广椒样品的宏基因组分析

基于KEGG数据库注释的KEGG途径如图2所示。在所有8个杂椒样品中，在L1水平上有4条占主导地位的KEGG途径(平均相对丰度大于1%)，包括新陈代谢、遗传信息加工、环境信息加工以及细胞过程，新陈代谢的平均相对丰度最高。在L3水平，有22条主要的KEGG通路。鲊广椒原料含有丰富的蛋白质、碳水化合物等营养物质，其中微生物具有代谢和利用这些物质的能力，而微生物特有的功能基因也是代谢是形成鲊广椒独特风味的关键，这对鲊广椒蛋白质和碳水化合物代谢功能基因的注释分析具有重要意义。

细菌KEGG通路概况(A)。在L1(B)和L3(C)水平上，鲊广椒样品中细菌KEGG途径的相对丰度

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