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经典案例

High-quality bacterial genomes of a partial-nitritation/anammox system by an iterative hybrid assembly method

期刊：Microbiome

时间：2020.11

影响因子：11.607

以基因组为中心的研究方法被广泛运用于微生物研究中，但是，传统的binning方法通常会产生高度碎片化的基因组草图（基因片段），这使科学家无法全面的了解微生物群落的组成及其功能。因此，利用长读长和短读长数据的优势从环境样品中检索更完整的基因组是微生物基因组研究的发展趋势。

本研究作者构建了一个迭代混合组装（IHA）流程（整合二代测序数据和三代测序数据的组装策略），利用此系统重建了49个组装基因组（MAGs），包括27个contig<5的高质量（HQ）高连续性（HC）的MAGs。此外，即使是在覆盖率极低的情况下，该流程依然可以检测出HQ和HC的MAGs。本研究结果证明了使用IHA工作流程进行完整基因组组装的可行性，有助于更好地了解细菌的组成。

Identification of African swine fever viruslike elements in the soft tick genome provides insights into the virus’evolution

期刊：BMC Biology

时间：2020.10

影响因子：6.765

为了探讨由节肢动物传播的非洲猪瘟病毒（ASFV）的进化机制，作者利用三代+二代测序方法对不同种类的钝缘蜱属的蜱虫进行DNA测序（O. moubata和O. porcinus）。利用得到的测序数据进行系统发育重建和分子钟分析。这一研究加深了对ASFV进化的认识，对病毒与其宿主的共同进化的研究有重大意义。

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