Hi-C获得的是全基因组的互作信息,对于调控转录中增强子与基因启动子远程互作的loop检测,Hi-C需要高深度 测序量, 且在检测增强子与启动子互作loop时,背景噪音高。
Promoter Capture Hi-C建库流程基于常规Hi-C,在获得的Hi-C文库基础上增加一步Promoter区域的杂交捕获, 由于仅针对promoter区域的互作进行富集捕获,可使原本微弱的互作信息足够放大,因此可对promoter区域的 互作进行更深入的分析。相比Hi-C而言,在获得相同分辨率情况,Promoter Capture Hi-C的测序量和成本降低。