宏基因组（Metagenomics）是以特定环境下微生物群体基因组为研究对象的方法。二代和三代宏基因组测序可以得到环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等。宏基因组研究前需提取DNA，这使得可移动遗传元件（如质粒、整合子、噬菌体、转座子等）与细菌宿主难以联系起来，掩盖了群落中水平基因转移的动态变化。
Meta Hi-C/3C是专用于研究复杂环境样本的DNA-DNA互作技术，基于邻近连接的互作特点，它们可以将来自于同一种微生物的contigs序列聚类到同一个groups中，对group进行物种鉴定。同时利用该原理，Meta Hi-C/3C可以将质粒、噬菌体聚类，并将微生物群落中质粒、噬菌体与宿主细菌进行关联。
Meta Hi-C/3C技术原理（Thibault Stalder et al，2019. The ISME Journal）
菌株间基因水平转移是由各种耐药基因的可移动遗传元件（如质粒、整合子、噬菌体、转座子等）介导完成，这些可移动遗传元件（MGE）可在同种和不同种细菌菌株间传递，从而使细菌的耐药性得以快速传播，受体菌表现为多重耐药。解析宿主-质粒、宿主-噬菌体的关联对于理解抗生素耐药性的生态学及耐药性基因在临床的途径传播是至关重要的，也是设计和执行干预方法来减少细菌感染威胁的前提条件。
Meta Hi-C/3C相较于二代/三代宏基因组在移动遗传元件-宿主关系判定上有显著优势（Skye R. S. Fishbein et al, 2023. Nature Reviews Microbiology）
1.宏基因组组装contigs聚类到微生物种属水平；
2.关联可移动遗传元件（抗性基因、质粒和整合子）与宿主基因组。
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