Q1:Meta Hi-C的主要技术原理?
细胞(菌体)内DNA之间存在互作关系,其空间构象彼此靠近,利用Hi-C技术手段进行交联,固定细胞内的DNA构象,可以确定来源于同一个细胞的序列。细胞(菌体)裂解后,获得交联固定的DNA进行建库测序,利用交联关系,确定来源于同一个细胞的序列,构建单菌基因组,可获得near-complete genomes,深化宏基因组研究。
Q2:Meta 3C方案有什么优势?
Meta 3C中使用了三种酶(HpaII: AATT;MluCl: GGCC;Sau3AI: GATC),较好地保证菌群中多种微生物的GC覆盖。
Q3:Meta Hi-C和Meta 3C的区别是什么呢?
A:Meta Hi-C是对环境样本进行标准Hi-C实验。Meta 3C是对每个样本构建3个3C文库,不需要标记生物素,实验过程相对简单。在数据分析方面,与Meta Hi-C相比,Meta 3C不需要先进行宏基因组测序,仅Meta 3C数据即可进行分析。