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经典案例

HiCuT识别目标蛋白相关染色质互作

研究者对人的GM12878细胞进行了CTCF和Pol II的HiCuT实验，对人原代角质细胞keratinocytes进行了H3K27ac的HiCuT实验，并与已发表的ChIA-PET、HiChIP、Hi-C数据进行了比较，均得到了较高比例的overlap互作。例如，CTCF的HiChIP得到24910个loops，与Hi-C得到的9448个loops有42%的overlap；HiCuT得到172002个loops，与Hi-C得到的9448个loops有52%的overlap。由于CUT&Tag的靶向精准切割作用，HiCuT数据无需采用HiCCUPS的loop calling流程即可直接得到互作loops，分析方法更为简单。可视化展示的peaks及interactions清晰明了，且能重现出已经被FISH验证过的loop结构。

文章GM12878细胞CTCF的HiCuT实验结果(Sati S., et al., 2022. PLoS Genet.)

人原代角质细胞H3K27ac的HiCuT与皮肤炎症GWAS的SNPs联合分析发现潜在致病调控元件(Sati S., et al., 2022. PLoS Genet.)

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医学科研: 三代测序技术; 单细胞测序技术; 二代测序技术; 三维基因组学技术

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