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基因组圈图

以circos圈图展示物种的基因组特征，包括但不限于染色体信息、GC含量、基因密度、重复序列、变异信息等。

基因家族聚类

基因家族是进化上存在共同祖先的一类基因，基因家族的成员之间序列相似并通常具有相近生物学功能。其中共有的基因家族可能是维持生存的保守基因，而特有基因则可能和物种的生物学特性，生存环境相关。

系统进化树

系统进化树的构建可用于分析物种各自进化地位及亲缘关系远近。确立分类地位，探讨物种起源。若有化石证据，可进一步结合进化树估算分歧时间。

基因家族收缩扩张分析

基因家族扩张和收缩分析对于物种的适应性进化非常重要，物种在进化过程中会由于外界各种因素导致自身基因组组成发生选择性进化，通过将显著扩张和显著收缩的基因家族进行功能富集，鉴定可能与物种生物学特征相关的基因家族，以及功能和参与的代谢通路。

共线性分析

共线性分析可以揭示基因组及近缘物种基因组的染色体结构上的异同，寻找易位、倒位、插入缺失等染色体结构变异区。对目标物种进行共线性分析，可以比较相关物种的基因组结构、推导最先物种的演化历史、指导重要已知性状基因的定位与克隆。