Q1:Promoter Capture Hi-C与Hi-C相比的优缺点?
优点:
(1)相同数据量情况下,靶标位点的覆盖深度更高,获得互作信息更为丰富;
(2)相对Hi-C全基因组互作信息,Promoter Capture Hi-C背景噪音低,分辨率更高,loop结构更多更清晰。
缺点:
(1)只能得到与Promoter互作的区域,不能获得全基因组互作信息。
Q2:Promoter Capture Hi-C实验流程?
交联-补平(标记生物素)连接-打断、生物素捕获-二代文库-探针杂交捕获-Promoter Capture Hi-C文库。