Q1:什么样的亲本符合 BSA 的要求?
尽可能选择性状差异单一,杂合位点少的亲本,亲本间差异不宜过大,避免由于亲本差异导致的假阳性。
Q2:如何构建混池?
通过表型调查,筛选具有极端表型的个体构建两个混池,质量性状比值符合1:2:1,具有主效位点的数量性状符合正态分布最佳。表型统计不准确,或由多个微效基因控制,会影响定位效果。混池个体性状不极端,存在较多中间型,同样会导致定位结果不佳。
Q3:子代混池需要多少样本?
质量性状,建议多取样代隐性个体,每个子代池不低于20个,然后取对应数量的显性个体;数量性状,建议每个子代池选择最极端的5%-10%性状的个体,子代池样本数量越多,定位效果越佳。
Q4:亲本和子代的测序深度是多少?
亲本建议不低于20×,子代混池建议每个样本深度不低于1×,例如一个子代池样本数量为30个,则每个子代混池的测序深度不低于30×。