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经典案例

三+二转录组测序揭示青海湖裸鲤转录组的特征和复杂性

物种：青海湖裸鲤

拉丁名：Gymnocypris Przewalskii

样品选择：6个野生雌性个体和3个雄性个体，分别取5个组织部位-肝脏、肌肉、脑、鳃和肾脏

测序策略：Illumina + PacBio

研究结果：

1、为了研究青海湖裸鲤的转录特性，采集6个野生雌性个体和3个雄性个体，分别取5个组织部位-肝脏、肌肉、脑、鳃和肾脏样本。

取样地点

2、使用PacBio进行三代测序，三个文库总共产生了12898077个CCS reads。CCS reads包含508704个FLNC reads，通过Illumina RNA-seq结果对三代测序数据进行纠错校正，首次构建青海湖裸鲤高质量的参考转录本。

FLNC长度分布

3、为了预测转录本功能，结合NR、GO、KO、KEGG、Swiss-Prot数据库对校正后转录本进行注释，得到了丰富且相对完整的青海湖裸鲤转录本注释信息。

转录本注释结果

4、进一步对得到的青海湖裸鲤转录本进行编码区和非编码区研究，对ORF区域和lncRNA进行预测。通过验证编码潜能检测到13293个潜在的lncRNA，去除lncRNA后检测到134537个ORF。

lncRNA预测

5、针对不同组织检测到的全长转录本，进行SSR鉴定，并对得到的SSR结果进行统计分析。

SSR情况统计

6、根据不同组织样本，分析其转录本中组织特异性基因的转录本数量。大脑中显示出明显的组织特异性转录本。

组织特异性转录本统计

7、对测序结果进行qRT-PCR验证，比对验证结果趋势与测序结果是否相同，以检验测序结果是否可靠。

qRT-PCR验证