1、sRNA筛选
对各样品的clean reads,筛选一定长度范围内的sRNA来进行后续分析。
2、sRNA分类注释
统计分别比对到已知miRNA、ncRNA、repeat、novel miRNA和基因exon、intron区域的注释比例,绘制饼图。
3、sRNA表达水平分析
对不同样品的sRNA的TPM密度分布进行比较,从整体了解不同样品间的TPM分布情况。
4、差异sRNA分析
通过对不同比较组合的sRNA表达量进行汇总,对差异sRNA进行分析统计。
5、sRNA靶基因功能分析
预测差异表达的sRNA的靶向mRNA,并对mRNA进行GO、KEGG富集分析,研究调控机制,构建mRNA与sRNA调控网络。