Q1:sRNA测序完成后结果如何进行实验验证?
sRNA测序的后续验证方法较多,常用方法有:
(1)qPCR对sRNA表达量的验证;
(2)RIP-seq,通过RIP技术富集得到具有修饰的RNA或与特异蛋白结合的RNA;
(3)RNA-seq,通过与参考基因组比对分析,获得sRNA上与蛋白特异性结合的位置信息。
Q2:没有参考基因组的物种,可以做small RNA测序吗?
无参考基因组的物种可以进行small RNA测序以及后续分析,但需要先做无参转录组拼接转录本,以转录本作为参考序列进行后续分析。
Q3:提取分离动植物Small RNA应注意什么?
千万不要采用硅胶莫离心柱分离Small RNA。动植物Small RNA通常是一类长度在50nt以下的RNA分子,在提取分离时应注意不要使用离心柱,因为硅胶膜离心柱只能富集200nt以上的RNA分,small RNA将会被过滤掉。