1、miRNA与mRNA调控网络构建
整理miRNA和其靶向的mRNA的相关性分析结果,选择相关性最高的top500个关系对使用R语言igraph包绘制网络图。
2、miRNA与circRNA调控网络构建
整理miRNA和其靶向的circRNA的显著相关性分析结果,使用R语言的igraph包绘制网络图。
3、lncRNA-miRNA-mRNA关联分析
鉴于lncRNA可以通过海绵效应吸附miRNA从而抑制miRNA对mRNA的调控作用,我们找到miRNA共同作用的mRNA和lncRNA进行展示并绘制了lncRNA-miRNA-mRNA三元ceRNA网络。
4、靶基因富集分析
根据分析目的筛选出目标基因后,结合数据库进行富集分析。
5、lncRNA-circRNA-miRNA-mRNA关联分析