全转录组解析油菜细胞质雄性不育系花药发育中的circRNA表达模式及ceRNA和miRNA-mRNA间的调控网络
物种：油菜
拉丁名：Brassica campestris
样品选择：细胞质雄性不育系Bcpol97-05A和可育系Bcah97-01B，每株系3个生物学重复。
测序策略：lncRNA+smallRNA测序
研究结果：
1、通过全转录组测序，研究者从雄性不育系和可育系的花蕾中鉴定并注释了1443个circRNAs，两品系共有121个circRNAs 。其转录本广泛分布在所有10条染色体中。circRNAs分为三类，分别来源于外显子，内含子，外显子内含子区域，大部分长度为200-400 bp。
2、雄性不育系和可育系进行差异比较分析，共鉴定出31个差异表达的circRNAs、47个差异表达的miRNAs和4779个差异表达的mRNAs。
表1 差异circRNA鉴定
3、使用Target Finder软件鉴定了推测的DEmiRNA–DEmRNA相互作用。结果总共获得了170个DEmiRNA–DEmRNA相互作用。最终筛选了18个miRNAs和37个mRNAs组成的DEmiRNA–DEmRNA对。其中DEmRNA功能注释表明大部分miRNAs都与植物激素相关。如，bra-miR9556-5p可能通过靶向Bra008715参与水杨酸介导的信号通路和油菜素内酯生物合成过程。
4、构建ceRNA网络，锁定一个circRNA、两个miRNAs和五个mRNAs(Bra006799、Bra013352、Bra022668、Bra029377和Bra038700) 组成的网络， 推测circRNA A02:23507399|23531438是在转录后水平调控花药发育的重要circRNAs。
DEcircRNA–DEmiRNA–DEmRNA网络构建
027-87224696
|
marketing@frasergen.com
|
微信公众号
