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常见问题

Q1：宏基因组与微生物多样性的区别？

宏基因组将基因组DNA随机打断成若干条小片段，然后在片段两端加通用引物进行PCR扩增测序，将得到的reads进行组装后进行基因预测得到基因序列，众多基因构成环境中微生物的基因集

微生物多样性主要针对核糖体小亚基基因序列进行测序（16s rDNA或者18s rDNA），该基因既存在高度保守的区域还包括高变区，通过特异性引物对某一段高变区（如V3区）或某几段高变区（如V3-V4区）进行扩增测序，然后与数据库比对，可特异性识别细菌种类。总的来说，微生物多样性主要告诉我们环境里有什么微生物，而宏基因组主要告诉我们环境里的微生物能做什么。

Q2：为什么宏基因组与微生物多样性物种注释结果存在差异？

微生物多样性和宏基因组都会分析环境中物种的种类，但是物种的丰度在二者之间存在一定的差异，第一种原因是微生物多样性是基于核糖体小亚基基因序列进行物种注释和丰度统计，但是在不同物种中核糖体基因的拷贝数不一样，这会带来一些误差；第二种原因是二者在建库测序过程中会进行PCR反应，在PCR这个过程中也会存在一些误差。

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